Отдел был образован в 1877 году и является одним из первых научных краеведческих обществ в Омске. Тогда в музей были переданы археологическая, ботаническая, зоологическая и этнографическая коллекции, хранящиеся здесь и поныне и частично представленные на выставке.
Экспонаты второй половины 19 века — это фрагменты личных архивов омичей — членов Русского географического общества: Сергея Швецова, Иннокентия Шухова, Александра Седельникова, Петра Драверта, Андрея Палашенкова, Дмитрия Фиалкова. Все их коллекции сейчас хранятся среди музейных реликвий.
Итогом юбилея станет международная научно-практическая конференция «История, природа, экономика», проведение которой запланировано в Омске на 30 июня.