Вместе с тем, многообразие религиозной палитры города имеет и свои отрицательные стороны. Как было отмечено на заседании коллегии при мэре Омска, в течение ряда последних лет наблюдается рост активности деструктивных религиозных объединений — тоталитарных сект, а основной целью их деятельности, помимо коммерческой выгоды, является размывание в общественном сознании омичей традиционных для России духовных ценностей. Кроме того, полагают, что все очевиднее становится стремление таких организаций влиять на общественно-политическую ситуацию в городе. В мэрии подготовлен проект постановления, в котором закрепляются механизмы взаимодействия ее структурных подразделений с управлением по делам национальностей и религии администрации города. Практическим результатом принятия этого постановления должна стать организация планомерной разъяснительной работы и профилактика негативного влияния на духовное здоровье омичей.