Возводился с 1833-го по 1840 годы на деньги сибирских казаков. До 1916 года имел статус церкви, после — собора. До революции и в годы Гражданской войны здесь хранились реликвии Сибирского казачьего войска: легендарное знамя Ермака, знамя Иоанна и Петра Алексеевичей, Георгиевский крест Г. А. Колпаковского. В разное время в храме молились цесаревич Николай Александрович (Николай II}, Л. Г. Корнилов, А. В. Колчак. Здесь крестили известного поэта Л. Н. Мартынова и будущего генерала Д. М. Карбышева. В 1928 г. решением городского совета Казачья церковь была закрыта. В разное время здание перестраивали и арендовали управление культуры, музыкальная школа, управление кинофикации {тут был кинотеатр «Победа»).
С 1966 года здание не эксплуатировалось. В 1970 году появилось решение горисполкома о его сносе, но благодаря протестам общественности это решение не было выполнено.
А. Ф. Палашенков, прослышав о предстоящем сносе храма, не только стал посылать письма в вышестоящие инстанции, в которых доказывал исключительную ценность собора, но и требовал убрать из алтарной части устроенные там общественные туалеты. Здание было отремонтировано, и с 1983 года здесь разместился Зал органной и камерной музыки. С 1991 года здание использовалось совместно управлением культуры и Омско-Тар-ской епархией, а с июня 1998 года его передали Омско-Тарскому епархиальному управлению. Многие православные омичи приходят помолиться в этот храм. В стеклянных витринах они видят старинные образа Абалакс-кой Божией Матери и Святителя Иоанна Тобольского, которые также в свое время, спасая от поругания, принес из Всехсвятс-кой кладбищенской церкви А. Ф. Палашенков.