Он работает в Омске с ноября 2003 года. С Омским академическим театром драмы Марчелли трижды номинировался как лучший режиссер на соискание Национальной театральной премии «Золотая маска» со спектаклями «Дачники» (2004 год), «Вишневый сад» и «Фрекен Жюли» (2006 год), а с «Тильзит-театром» из города Советска — в 2005 году со спектаклем «Три сестры». В 2006 году специальная премия жюри «Золотой маски» была присуждена возглавляемому Марчелли Омскому театру драмы «За разнообразие творческих поисков в сезоне 2004-2005 гг.». По итогам 2005 года проектом «Грани.Ру» Евгений Марчелли признан лучшим режиссером российской провинции.
Работы Евгения Марчелли всегда являются событием на престижных российских и зарубежных фестивалях. Спектакли, поставленные им, были высоко оценены на фестивалях «Экспериментальный театр» (Санкт-Петербург), «Театр и критик» (Гельзенкирхен, Германия), «Фестиваль театра наций» (Москва), «Театр: Восток -Запад» (Роворето, Италия), «Современная итальянская драматургия» (Рим, Италия), «Балтийский Дом» (Санкт — Петербург), «Дивадло» (Чехия), «Контакт» (Польша), Международный театральный фестиваль (Дублин, Ирландия), «Славия» (Белград, Сербия).