По мнению специалистов, профессионально занимающихся вопросами сохранения памятников культурного наследия, земляные валы были срыты более века назад. После снятия ограждения передислоцированной в 1999 году воинской части остатков земляных валов не было обнаружено. На самом деле то, что сегодня принимается за сохранившиеся земляные валы, оказалось при вскрытии строительным мусором (железобетон, арматура), присыпанным землей. Этим строительным мусором были прикрыты 6 железобетонных колодцев ливневой канализации, которые были подняты до отметок 1-2 метра при строительстве прилегающего к крепости жилого дома (застройщик ООО «Стандарт-Сервис»). Об этом свидетельствуют фотоснимки, выполненные при очистке территории. В настоящее время оголовники колодцев после освобождения от строительного мусора понижены до проектных отметок земли.
Безусловно, при реализации утвержденной градостроительной концепции создания культурно-исторического комплекса «Омская крепость» фрагменты земляного вала должны быть восстановлены при тщательном изучении и использовании полученных в Российском государственном военно-историческом архиве материалов.
Также непрофессионально представляется информация об уничтожении культурного слоя на территории крепости.
За время существования крепости — более двух веков — время оставило след в виде почти метрового слоя земли, пыли, песка, в который вросли цокольная часть и входы в здания. Известно, что от повышения отметок земли происходит намокание стен с последующим их разрушением. Для сохранения зданий и последующей реконструкции необходимо освободить цокольную часть зданий от оставленного временем слоя. Кроме того, эти мероприятия необходимы для диагностики — инструментального обследования состояния конструкций зданий, которое требуется для разработки проектных решений и последующей реконструкции.
В настоящее время проводятся первоочередные мероприятия организации рельефа для отвода поверхностных вод от зданий и мощение открытых участков мелкоразмерной бетонной плиткой на песчаном основании по проекту, выполненному лицензированной проектной организацией. Проект благоустройства согласован с уполномоченным органом по охране памятников культурного наследия — министерством культуры Омской области.
В мероприятиях по благоустройству увязаны сроки и место проведения археологических исследований, которые должны выполняться на основании открытого листа, выданного уполномоченным органом.