Напомним, что музей располагает самым крупным собранием в Сибири. Коллекция произведений западноевропейского искусства включает полотна мастеров Италии, Испании, Голландии, Фландрии, Франции, Германии, Австрии и Англии XVI-XIX веков. Коллекция иконописи представлена иконами, выполненными в XVII — начале XX веков в европейской части России, на Урале и в Сибири. Значительную часть коллекции музея составляют произведения отечественных мастеров постреволюционного периода и русского искусства XVIII — начала XX веков.
Большой интерес представляют редкие книги, а также коллекция декоративно-прикладного искусства, уникальность которой во многом обусловлена наличием в ней золотых изделий скифо-сарматского периода, что является редкостью для музеев Сибири.