По версии следствия, Сергей Овчинников в 2006-2007 годах по заведомо завышенной стоимости приобрёл у подконтрольной ему организации ОАО «Омский речной порт» семь судов. Ущерб от невыгодной сделки составил около пяти миллионов рублей. В апреле этого года Овчинников был отстранён от должности руководителя ФГУ «Обь-Иртышводпуть». Депутат вины не признаёт.