С 2006 года он возглавлял Государственную налоговую инспекцию по Омской области, затем Управление МНС России по Омской области и наконец Управление ФНС России по Омской области. В ноябре 2006 года Виктор Погребняк был награждён орденом «За заслуги перед Отечеством» II степени. В апреле 2009 года ему присвоено почётное звание «Заслуженный экономист Омской области». Сейчас обязанности руководителя регионального УФНС временно исполняет его заместитель Вера Чурикова.